De la détection de Listeria monocytogenes aux risques associés aux insectes comestibles, en passant par Clostridium perfringens, la sécurité alimentaire ne peut plus être pensée uniquement à l’échelle du produit fini. Lors d’une session organisée avec la Société Française de Microbiologie à Forum LABO, plusieurs experts ont montré comment les nouvelles méthodes analytiques permettent de mieux comprendre les contaminations et leurs liens entre environnement, animaux, aliments et santé humaine.

La listériose reste un enjeu important de santé publique, notamment pour les populations les plus vulnérables. Pour les industriels, détecter Listeria monocytogenes ne suffit cependant pas toujours : il faut aussi être capable de déterminer quelle souche est présente et d’où elle provient.

Le typage par MLST permet de différencier les souches selon leur profil génétique. Très performant, il nécessite néanmoins un séquençage et plusieurs jours d’analyse.

Pour accélérer cette étape, l’Anses a développé GenoListeria, une méthode de PCR en temps réel capable d’identifier une trentaine de complexes clonaux majeurs. Validée grâce à un essai interlaboratoire impliquant 15 laboratoires de 11 pays européens, elle permet d’obtenir rapidement une information beaucoup plus discriminante que les anciennes méthodes de sérotypage.

L’intérêt de cette caractérisation génétique devient particulièrement évident lorsqu’elle est appliquée à l’environnement de production.

En comparant les souches retrouvées dans les matières premières, les drains, les salles de transformation ou les produits finis, il devient possible de reconstituer les voies de contamination. Une entreprise peut ainsi déterminer si une contamination provient d’un fournisseur, d'une matière première ou d’une souche installée durablement dans son environnement de production.

Cette approche permet alors de cibler les actions : renforcer le nettoyage d’une zone, augmenter les contrôles à réception, auditer un fournisseur ou suivre dans le temps la réapparition d’un même clone.

Une nouvelle version de la méthode, GenoListeria Detect, est également en développement pour intervenir directement à partir du milieu d’enrichissement. Les premiers essais ont notamment mis en évidence des échantillons contenant plusieurs complexes clonaux alors que la méthode conventionnelle n’en identifiait qu’un.

La sécurité microbiologique concerne aussi l’arrivée de nouveaux aliments. En Europe, les insectes destinés à la consommation humaine entrent dans la réglementation des Novel Foods.

Vers de farine, grillons ou autres espèces autorisées présentent plusieurs intérêts : richesse en protéines, rendement d’élevage élevé, consommation d’eau réduite et possibilité de valoriser une grande partie de l’animal.

Mais « nouveau » ne signifie pas « sans risque ». Comme tout aliment, les insectes doivent faire l’objet d’une analyse des dangers avant leur mise sur le marché.

Les risques potentiels peuvent être physiques — notamment avec certaines parties d’insectes entiers —, chimiques ou biologiques. Les échanges lors de la session ont également souligné la nécessité de considérer certains contaminants, les bactéries sporulées ou encore les risques allergiques, notamment en raison de possibles réactions croisées chez les personnes allergiques aux crustacés.

L’enjeu est donc d’accompagner le développement de cette nouvelle filière par des méthodes adaptées à ses spécificités.

Autre exemple : Clostridium perfringens, une bactérie capable de produire différentes toxines et impliquée dans des intoxications alimentaires.

Elle peut être présente dans le tube digestif des animaux, mais également dans les sols, l’eau et différents environnements. Sa capacité à former des spores lui permet en outre de résister à des conditions défavorables avant de reprendre sa croissance lorsque l’environnement redevient favorable.

Le problème est que toutes les souches ne présentent pas le même niveau de danger. Détecter ou dénombrer la bactérie dans un aliment ne permet donc pas nécessairement d'évaluer son potentiel pathogène.

Pour aller plus loin, les recherches s’intéressent désormais aux gènes de virulence, aux toxines et à la diversité génétique des souches. L’objectif est de distinguer une simple présence bactérienne d’une contamination présentant réellement un risque pour le consommateur.

Un projet mené dans les filières bovine, porcine et avicole a permis d’étudier C. perfringens directement dans plusieurs abattoirs. Plus de 1 800 prélèvements ont été réalisés sur les carcasses, les produits de découpe, les surfaces ou encore dans l’air.

Les analyses montrent que la bactérie peut être retrouvée à différents niveaux du processus de production. Le typage génétique permet ensuite d’aller beaucoup plus loin en observant la circulation d’un même clone au sein d'un site, voire sa persistance dans le temps.

Ces informations peuvent directement aider les industriels à évaluer l’efficacité de leurs mesures de maîtrise. Si une même souche réapparaît plusieurs mois après un nettoyage ou une désinfection, cela peut indiquer qu’une source de contamination persiste et qu’une action corrective supplémentaire est nécessaire.

Ces travaux illustrent pleinement l’approche One Health, qui considère ensemble la santé humaine, la santé animale et l’environnement.

Pour comprendre une intoxication alimentaire, il ne suffit plus d’analyser uniquement l’aliment concerné. Il faut pouvoir remonter la chaîne : élevage, matières premières, environnement de production, équipements, transformation, produit fini et, potentiellement, environnement naturel.

Les recherches sur C. perfringens s’étendent ainsi désormais aux sols afin d’étudier les liens génétiques possibles entre les souches présentes dans l’environnement, celles retrouvées dans les filières alimentaires et celles impliquées dans les intoxications humaines.

PCR en temps réel, séquençage génomique, recherche de marqueurs de virulence, attribution de source : les nouvelles méthodes analytiques transforment progressivement la microbiologie alimentaire.

L’objectif n’est plus seulement de répondre à la question « cette bactérie est-elle présente ? », mais de comprendre quelle souche est présente, si elle représente réellement un danger, comment elle circule et quelle est son origine.

Une évolution essentielle pour mieux cibler les actions de prévention, améliorer la surveillance des environnements de production et, à terme, renforcer la sécurité des aliments tout au long de la chaîne.

Article réalisé à partir de la session consacrée à la sécurité microbiologique des aliments dans une approche One Health, organisée avec la Société Française de Microbiologie lors de Forum LABO.